Jednym z przeciwwskazań do stosowania metronidazolu jest pierwszy trymestr ciąży, natomiast międzynarodowa literatura i specjaliści przed odrzuceniem metronidazolu jako leku w terapii biorą pod uwage stan pacjentki i stosunek korzyści do niebezpieczeństwa terapii.
ciąża i laktacja, bielactwo, niewyrównana cukrzyca, poważne przewlekłe choroby układu sercowo-naczyniowego w tym rozrusznik serca , choroby autoimmunologiczne, padaczka, tendencja do powstawania bliznowców.