Gdy zmiana jest duża, pojedyncza lub mnoga, zlokalizowana w miejscach newralgicznych, a ponadto pacjent nie jest odpowiednim kandydatem do zabiegu chirurgicznego wskazana jest radioterapia lub immunoterapia.
Brodawczak płaskonabłonkowy jest uznawany za łagodną zmianę nowotworową , która jednak może ulec zezłośliwieniu u osób narażonych na działanie dodatkowych czynników kancerogennych, na przykład nadużywających alkoholu, palących papierosy, a także często uprawiających seks oralny.
Niestety wiele osób zgłasza się do lekarza dopiero wówczas, kiedy rak jest w zaawansowanym stadium, co znacznie pogarsza perspektywy jego wyleczenia z 90 przeżywalności we wczesnym stadium do 50 -70 w zaawansowanym.